Situada em uma região de topografia acidentada, formada por montanhas e florestas de difícil acesso, Anitápolis foi uma das últimas áreas da Grande Florianópolis a ser explorada. Apesar de ter sido descoberta pelos açorianos, foi somente em meados do século XX que se iniciou a colonização, por alemães e italianos. Em 1907, o governo do Estado decidiu criar um núcleo colonial na localidade, visando acolher os imigrantes recém-chegados da Europa. A cidade desmembrou-se de Santo Amaro da Imperatriz em 1961 e a falta de acessos, que retardou seu processo de colonização no início do século XX, ainda dificulta o desenvolvimento econômico local.

O governo sabendo que aqui havia terras boas, assentou de abrir um núcleo de colonização. Do vale do braço do norte, Anitápolis foi a última região a ser povoada, a única sob a direção dos poderes  públicos. De fato o território constituía-se num sertão montanhoso, floresta impenetrável, onde não seria possível a colonização   espontânea devido a absoluta falta de vias de comunicação, e a dificuldade extrema de sua construção, em meio as altas montanhas e profundos e estreitos vales.

Foi assim que em 1.907, o Governo decidiu abrir aqui um Núcleo Colonial para acolher imigrantes europeus que demandavam as nossas terras. O núcleo constava de 32 secções, quase todas com nome de rios. Rio do Meio, Rio do Ouro,

O centro do núcleo fora projetado para surgir na Barra do Santo Antônio  com o Rio do Meio onde hoje está a capela de Santa Catarina.

Cícero Rodrigues Brasil era um Cearense que viera em criança para Florianópolis, com fama de conhecedor das matas, contrataram-no como chefe de turma de desbravadores. Para abrir picada do Rio Novo para cá, Rio Novo era sede provisória do Núcleo.

O primeiro morador fixo, no Núcleo, fora Cícero, que em 1.907 construíra casa e em 1.908 ttrouxera a família, entre eles seu filho Sálvio Rodrigues Brail, de 3 anos. A única autoridade do lugar era um engenheiro de agrimesura, auxiliado apenas por feitores e instrutores. A este cabia a orientação dos trabalhos dos imigrantes, que nada sabiam da maneira de cultivar nossas terras.

Só em 1911 os imigrantes começaram a ser dirigidos para cá. A procedência européia era das mais variadas : Alemanha, Romênia, Rússia, checoslováquia, Inglaterra, Espanha, Boêmia, Letônia, Finlândia. Porém sempre predominou o alemão. Por 2 ou 3 anos era quase todos os dias uma ou duas famílias chegando.Em geral pessoas mais ou menos bem de vida.Poucos eram agricultores, na maioria operários ou mineiros. Por não saberem trabalhar com a terra a maioria foi levada para trabalhar nas minas  de Orleans e Criciúma. Nos seus lotes só ficavam a mulher e os filhos, que iam plantando alguma rocinha.

Devido a guerra a imigração foi bruscamente interrompida o que assustou um pouco o governo federal, que resolveu construir um patronato agrícola, espécie de colônia correcional para a juventude transviada do Rio e Janeiro. Cícero Brasil, influente morador de nossas terras, e admirador incontestável, da Grande heroína de dois mundos, Anita Garibaldi, exigiu do Governo que essa terra se chamasse ANITÁPOLIS.

Em 29 de dezembro de 1961, Anitápolis emancipou-se de Santo Amaro daImperatriz, tornando-se município. Com a emancipação de Anitápolis, necessidades foram surgindo. Precisava-se de símbolos qque representassem nossa terra, então o Hino de Anitápolis exaltando a terra e a gente desse lugar foi escrito, e a bandeira foi criada para representar a cidade em diversas ocasiões.